種分化(しゅぶんか)と系統(けいとう)

もとは同(おな)じ種(しゅ)だった集団(しゅうだん)が、山(やま)や海(うみ)などで地理(ちり)的(てき)に分(わ)かれて交流(こうりゅう)（新しいタブで開きます）がなくなることを地理的隔離(ちりてきかくり)という。隔離(かくり)された集団(しゅうだん)はそれぞれ別(べつ)の環境(かんきょう)で自然(しぜん)選択(せんたく)（新しいタブで開きます）や遺伝的浮動(いでんてきふどう)を受(う)け、遺伝子頻度(いでんしひんど)が異(こと)なる方向(ほうこう)に変化(へんか)していく。

隔離(かくり)が長(なが)く続(つづ)くと、2つの集団(しゅうだん)の間(あいだ)で遺伝(いでん)（新しいタブで開きます）的(てき)な差異(さい)が大(おお)きくなり、たとえ再(ふたた)び同(おな)じ場所(ばしょ)で出会(であ)っても交配(こうはい)できなくなったり、交配(こうはい)しても子(こ)が残(のこ)せなくなったりする。このような状態(じょうたい)を生殖的隔離(せいしょくてきかくり)という。

生殖的隔離(せいしょくてきかくり)が成立(せいりつ)すると、2つの集団(しゅうだん)はもはや同(おな)じ種(しゅ)に戻(もど)ることができず、別(べつ)の種(しゅ)として分(わ)かれたことになる。このように新(あたら)しい種(しゅ)が生(しょう)じる過程(かてい)を種(しゅ)分化(ぶんか)という。

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生物(せいぶつ)どうしの進化(しんか)的(てき)な関係(かんけい)を、枝分(えだわ)かれする樹形(じゅけい)の図(ず)で表(あらわ)したものを系統樹(けいとうじゅ)（新しいタブで開きます）という。近年(きんねん)は、DNAの塩基(えんき)配列(はいれつ)やタンパク質(しつ)のアミノ酸(さん)配列(はいれつ)を比較(ひかく)してつくる分子(ぶんし)系統樹(けいとうじゅ)が広(ひろ)く使(つか)われている。

塩基(えんき)配列(はいれつ)やアミノ酸(さん)配列(はいれつ)は時間(じかん)とともに変化(へんか)していくため、2種(しゅ)の配列(はいれつ)の違(ちが)いが大(おお)きいほど、共通(きょうつう)の祖先(そせん)から分(わ)かれてからの時間(じかん)が長(なが)いと推定(すいてい)できる。

このような分子(ぶんし)（新しいタブで開きます）系統学(けいとうがく)の研究(けんきゅう)から、生物(せいぶつ)全体(ぜんたい)を細菌(さいきん)（バクテリア）・古細菌(こさいきん)（アーキア）・真核(しんかく)生物(せいぶつ)の3つの大(おお)きなグループに分(わ)ける3ドメインという考(かんが)え方(かた)が広(ひろ)く受(う)け入(い)れられている。

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古細菌(こさいきん)は、見(み)た目(め)は細菌(さいきん)に似(に)ているが、細胞(さいぼう)の膜(まく)の成分(せいぶん)や遺伝(いでん)情報(じょうほう)の発現(はつげん)のしくみなど、分子(ぶんし)のレベルでは細菌(さいきん)よりも真核(しんかく)生物(せいぶつ)に近(ちか)い特徴(とくちょう)を多(おお)くもつ。このため、古細菌(こさいきん)は細菌(さいきん)とは別(べつ)のドメインに分類(ぶんるい)される。

ドメインの下(した)には、さらに細(こま)かい分類(ぶんるい)群(ぐん)として界(かい)や門(もん)が置(お)かれる。例(たと)えば真核(しんかく)生物(せいぶつ)のドメインの中(なか)には、動物界(どうぶつかい)・植物界(しょくぶつかい)・菌界(きんかい)などの界(さかい)が含(ふく)まれる。

形(かたち)のよく似(に)た生物(せいぶつ)どうしが必(かなら)ずしも近(ちか)い系統(けいとう)関係(かんけい)にあるとは限(かぎ)らない。見(み)た目(め)の似(に)ている特徴(とくちょう)（相似(そうじ)）と、共通(きょうつう)の祖先(そせん)から受(う)け継(つ)いだ特徴(とくちょう)（相同(そうどう)）を区別(くべつ)することが、系統(けいとう)を正(ただ)しく推定(すいてい)するうえで重要(じゅうよう)である。